Trong thời cổ đại và trung cổ, thuế nhập khẩu còn được các chính quyền địa phương thu, nhưng hiện nay điều này là rất hiếm và thông thường nó được nhà nước giao cho một tổ chức nhà nước chuyên trách về thuế xuất-nhập khẩu là hải quan thực hiện công việc kiểm tra, tính và thu thuế. Tại một số quốc gia, cơ quan chức năng khi tính thuế nhập khẩu cũng tính luôn cả thuế giá trị gia tăng (VAT) đối với mặt hàng nhập khẩu đó, mặc dù thuế giá trị gia tăng về nguyên lý chỉ được đánh khi hàng hóa tham gia lưu thông. Một số quốc gia có chính sách hoàn thuế nhập khẩu cùng thuế VAT khi các mặt hàng nhập khẩu được sử dụng vào sản xuất hàng xuất khẩu.

Trong thời đại ngày nay, các chính sách về thương mại, thuế và thuế quan (trong đó có thuế nhập khẩu) thường được xếp cùng nhau do ảnh hưởng chung của chúng đối với các chính sách công nghiệp, chính sách nông nghiệp và chính sách đầu tư. Các khối thương mại là nhóm các quốc gia liên minh thỏa thuận giảm thiểu hay loại trừ thuế quan đối với thương mại trong khối, cũng như khả năng áp đặt thuế quan có hiệu quả lên hàng nhập khẩu từ ngoài khối. Liên minh hải quan của khối thường có biểu thuế quan ngoài chung, và theo các quy định đã thỏa thuận thì các quốc gia thành viên chia sẻ các khoản thu nhập từ thuế quan đối với hàng hóa nhập khẩu vào trong khối.

Buôn lậu trong lĩnh vực nhập khẩu là hành vi mà một số tổ chức, cá nhân thực hiện trái luật để trốn thuế nhập khẩu.